有關部分媒體特別報導林邊淹水情形，行政院莫拉克重建會說明：南瑪都颱風通過南台灣，屏東地區首當其衝帶來豐沛雨量，林邊市區排水幹線在八八風災後即清通，完成抽水站修復並加強移動式抽水機佈置，本次短時間強降雨雖造成低漥處積水，但在暴雨趨緩後即排除退去，排水系統發揮功能，目前除高速公路下林邊交流道尚有局部區域積水外，市區已無淹水情形，重建會呼籲屏東縣政府與林邊鄉公所加強道路側溝與排水幹線疏通，確保排水無虞與保護生命財產安全。

行政院莫拉克重建會表示，重建會於八八風災時對林邊地區排水復建成立專案小組處理，已將林邊排水幹線清淤疏通，修復抽水站並加強移動式抽水機增加應變機動性，然而林邊鄉地勢以警察局與火車站周遭區域為最低窪，形同碗盤之底部，瞬間豪大雨勢必匯流集中該處而宣洩不及，此為歷年來暴雨即造成該區域積水的主要原因，所幸排水主動脈已打通，以及抽水系統設施運轉管理妥當，因此可在暴雨稍停歇後予以排除積水。

陳振川副執行長強調，南瑪都颱風雖已自台南附近出海，但其外圍環流仍持續影響南部地區，呼籲各單位仍應持續做好防災工作不能輕忽，屏東縣政府與林邊鄉公所應加強道路側溝與排水幹線疏導暢通，確保暴雨時排水無虞，而有關低窪地區受限地勢影響，非短期內人力可克服，請當地居民注意配合政府宣導，做好疏散撤離措施，居安思危確保生命財產安全。