對於民進黨立法院黨團4日召開記者會，指稱各重建主管機關預算執行率不佳一事，行政院莫拉克災後重建推動委員會（以下簡稱重建會）表示，民進黨立院黨團所引用的資料係屬6月底預算執行情形，經以最新執行情形統計分析，重建工程由內政部、教育部、經濟部、交通部、農委會及原民會執行之工作計畫標案數共計1,781件，預算執行率低於50％之標案件數計242件（13.59％），其中預算執行率為零之案件數計222件（12.46％），因屬較大且複雜之工程預定下半年度才發包者共89件，即佔40％，因此並無延誤之情形，另有78件為已執行但未即時上網填報，其餘少數件數則為工程落後或未辦理估驗，故執行率為零。

重建會副執行長陳振川指出，有關搶修搶險工程，政府已在去年運用災害準備金辦理完成，至於重建特別預算則在去年11月10日經立法院通過，11月20日總統公布執行，因此今年上半年大部分的工程目前均在辦理委託規劃設計以及工程發包作業程序，復建工程無法再利用初期緊急發包採購作業，必須遵循政府採購法公開發包等標的程序來辦理，因此前期的委託設計發包、測量設計時程，以及後續的發包等標期程，一般正常程序小工程即需耗費4～5個月，大工程或複雜的工程常需耗費6～7個月的時程，因此，政府各部門小額1,000萬以下的工程約在3、4月間完成發包，今年7、8月間即可完工；重大複雜的工程則在6、7月間才陸續發包，經統計99年度預定發包之工程標案計 5,793件，累計至8月2日止已發包5,455件，年度發包率已達94.20%。

在5,793件中，截至目前為止已有4,111件完工，佔所有標案的70.96％。未發包的工程係屬較大型的工程或複雜度較高之工程，現場調查、規劃設計均需較長時間，大部分甫完成設計，目前正進行審查及相關的發包工作中，在經費的支用上尚無大筆支出，以致在標案列管系統預算執行率屬於較低的現象，應屬正常。至於剛發包的工程，因屬開工初期，以一般工程特性，前期施工進度均較平緩且廠商尚未估驗，或已估驗但機關尚未上網登載，故有預算執行仍為零或偏低的暫時現象，重建會及工程會每月均召開專案會議檢討列管追蹤進度，行政院並已訂定嚴格管制考核辦法，並採行重賞重罰。