報載「臺東科長無力治水，抱著22億哭」一事，行政院莫拉克颱風災後重建推動委員會指出：

98年8月莫拉克颱風造成太麻里溪沿岸潰堤，既有水防設施多處遭沖刷流失，導致農田及房舍嚴重受災。影響農戶約500戶，沖刷流失農地約300公頃以上。經濟部水利署災後立即責成水利規劃試驗所，依據颱風所造成地文、水文、人文環境等變遷，核定公告太麻里溪水道治理計畫，作為整體治理措施規劃與實施依據。

「臺東縣太麻里溪莫拉克颱風災害復建計畫」包括20件堤防復建工程及4件河川疏濬工程，總經費含相關用地及堤後流失農地復建費用，總計達新台幣21億7,200萬元，其中4件堤防復建工程經費約新台幣7億3,800萬元，由經濟部水利署第八河川局施做，其餘20件復建工程，因屬縣管河川，均係縣府權責應辦工程由該府工務處水利課執行。

有鑒於縣府水利課在不增加人力情形下，業務量卻增加數以倍計，嚴重影響太麻里溪復建期程，莫拉克風災已屆滿周年，太麻里溪相關災後重建工作仍尚未完全獲得解決，行政院莫拉克颱風災後重建推動委員會除積極協調內政部地政司及經濟部水利署第八河川局派員協助縣府辦理用地徵收事宜外，另請第八河川局協助臺東縣政府辦理4件原預計在100年執行之堤防復建工程，重建會並於99年8月25日成立「太麻里溪流域農田災後復建推動專案小組」，由陳副執行長振川親自擔任召集人，成員包括重建會基礎建設處、產業重建處、經濟部水利署、水利署第八河川局、交通部台灣鐵路管理局、交通部公路總局、公路總局第三區養護工程處、農委會農田水利處、農委會水土保持局、農委會林務局、內政部營建署、內政部地政司、財政部國有財產局等跨部會組織與地方政府（台東縣黃縣長健庭、太麻里鄉及金峰鄉鄉長），並責成縣府成立「莫拉克颱風災後復建工程專案小組」，共同研擬加速辦理太麻里溪流域堤防復建、農田填復復耕工作。

截至目前為止，臺東縣政府辦理4件河川疏濬工程已於99年8月1日開工；12件堤防復建工程，其中3件已決標、6件預定9月21日開標、2件預定9月24日開標、餘1件因地形複雜修正設計中，預計9月中旬上網公告招標。第八河川局辦理4件堤防復建工程也已分別於99年7月20日前全部發包完成，預計可於100年汛期前完工；另增加協助縣府執行4件原預訂100年度堤防復建工程，已於9月10日完成設計審查，預定99年10月底前發包施工。至於用地徵收方面，縣府依重建會要求召集地政、水利等相關單位成立用地取得專案小組，用地協議價購已於99年9月15日前全部完成，預計於9月25日前陳報徵收計畫書至內政部地政司。

對於太麻里溪災後復建工作，重建會自陳副執行長於99年1月11日訪查臺東縣重建工程發現進度推展緩慢後，立即要求本會基礎建設處介入協助復建工作，已召開7次工程會勘及進度檢討會，積極協調中央各單位予以協助，充分發揮中央與地方協力推動太麻里溪復建工作。