漁業署本27日表示，莫拉克颱風過後，被洪水從各河川沖下的漂流木，部分順著洋流流入漁港，至於漂流木漂入漁港之最高峰時間在8月10日至8月20日，有10縣市52處漁港曾經遭到漂流木嚴重入侵，但經各單位通力合作清除漁港區漂流木，至22日起全國225處漁港迄今均已保持暢通，漁船可以安全進出。惟尚可能隨時有零星漂流木流入漁港，漁業署已通令各縣市政府漁港管理單位，應儘速派員清除漁港內之零星漂流木，務必保持漁船安全進出。

漁業署進一步說明，以本次受漂流木影響最嚴重之台東縣伽藍（富岡）漁港為例，該港水域於8月9日即被漂流木阻塞，造成臺灣本島與綠島、蘭嶼離島交通、運補中斷。為儘速恢復伽藍漁港功能，臺東縣政府立即與漁業署及林務局等單位通力合作清除漂流木，並於8月16日清出航道讓漁船可以進出港作業，8月18日、19日陸續恢復與離島貨運及客運航線，總計清除之漂流木高達25000噸。

漁業署強調，海面上仍有漂流木陸續隨潮流移動，已清除港區仍可能有漂流木會再流入漁港，該署已指派專人會同縣府及漁會人員隨時監控漁港現場，倘發現漂流木可能漂入漁港內，則立即派人清除，期維持全國225處漁港暢通，確保漁船進出港航行安全，及港內漁船船體安全。