行政院於99年1月5日召開「行政院重要河川流域協調會報」第一次會議，決議將曾文溪納入重要河川流域範圍，以提升該流域整治及管理，目前全國重要河川流域有淡水河、大甲溪、濁水溪、高屏溪等流域，再加上此次納入的曾文溪，已有5條重要河川流域，而在此次莫拉克颱風期間，其中就有3條流域包括濁水溪、曾文溪、高屏溪流域受到重創，莫拉克重建計畫將以國土復育保育為上位綱領，以整體河川流域系統為重建整治方向，落實水、土、林整體規劃，強化山、路、橋、河共治協調整合，以確保重建績效，永續經營。

　　重要河川流域協調會報召集人蔡勳雄主任委員指出：「行政院重要河川流域協調會報設置及作業要點」及委員名單已於98年11月奉行政院核定，其間適逢莫拉克颱風造成重大災害，爰各機關皆積極投入執行各項災後復建工作，而重要河川流域治理工作的協調整合，亦須續推動。

　　莫拉克颱風災後重建推動委員會陳振川副執行長表示，針對98年11月5日吳院長於行政院會議聽取重建會工作進度報告提示，目前台灣河川上、中、下游由不同機關管理，容易形成管理困境，為針對整體流域和水、土、林進行全面而完整之規劃，以專案方式推動流域整合管理至為重要，希望重建會協調各有關機關，依各地區河川的環境特色，儘速建立整合機制。本會針對莫拉克颱風期間受災嚴重的高屏溪、濁水溪、林邊溪、太麻里溪及曾文溪，已分別檢討整體流域重建計畫，協調各部會執行界面及整合，加速推動流域整治與重建。

　　另外，本次會議並討論曾文溪流域因莫拉克颱風造成沿岸重大災害，流域整體治理規劃須重新檢討，除工程方法外，非工程方法諸如預警、避災、遷離等應變計畫之第二道防線亦應納入考量，以減輕颱風豪雨所造成之災害，另為提升曾文溪流域之整治與重建，已請經濟部水利署儘速提出曾文、南化及烏山頭水庫改造及集水區整治計畫，並由農委會水保局及林務局、原民會及交通部等相關機關積極配合辦理。

　　陳振川副執行長強調，莫拉克颱風災後重建工作之推動應遵照「以國土保育為先之-區域重建綱要計畫」，依據區域環境特性，落實整合「山、路、橋、河共治」及整體流域治理，重建會將持續積極推動受災流域整合管理，掌握時效積極推動完成各項重建工作。