行政院莫拉克颱風災後重建推動委員會南部辦公室〈29〉日表示，莫拉克颱風災害遍布高雄、屏東、台東、台南、嘉義等15縣市、94鄉鎮，各地漂流木約40萬公噸，政府將影響農民、漁民生計之農田、漁港、灌溉溝渠等列為優先處理對象。全國遭漂流木嚴重入侵的漁港分布於10縣市的52處漁港，經全力排除，目前全國漁港均已暢通無阻，漁船可以安全進出。

由於海面仍有漂流木可能隨潮流流入漁港，南部辦公室表示，已指派專人會同縣政府及漁會人員隨時監控漁港四週，倘發現漂流木漂入漁港，則立即派人清除，以確保漁船進出安全及港內漁船船體安全。

南部辦公室也指出，在清理各地漂流木方面，農委會林務局迄今已動員人力4199人次、挖土機1157台、卡車1231輛，全力協助縣市政府清理，已清運廢材11萬1000公噸、用材4717立方公尺。在屏東的九如地區，林務局已派遣5台挖土機、38輛卡車及灑水車一輛，協助清理；隘寮溪沿岸雖遭民眾阻擾，經檢察官排除後，已順利開始清理。

南部辦公室的資料顯示，為使農田早日恢復生產，中央政府已補助高雄縣政府2200萬元、屏東縣政府1000萬元（屏東縣政府另已申請補助2500萬元），用以清理農田、灌溉溝渠的漂流木。