報載「永久屋阻排水？萬金村民抗議」一事，行政院莫拉克颱颱風災後重建推動委員會指出：新赤農場永久屋基地排水，已有詳細周延之規劃，在基地區域內除設置良好的排水溝系統外，並設置滯洪池，收集基地區域內暴雨多餘之地表雨水，避免急速排入周圍社區，另一方面對於基地周圍歷年排水系統不良也做一通盤考量，優先挹注排水系統整治經費，早日解決萬金地區排水問題。

為了解決新赤農場永久屋區外排水問題，重建會基礎建設處處長顏久榮早於99年10月19日特地召開「新赤農場永久屋基地區外排水整治專案檢討會議」，檢視農委會水土保持局及經濟部水利署於本區所進行的調查規劃報告內容，尋求任何有助於改善基地週邊排水問題的方法。尤其鄰近新赤基地佳平溪排水支線-萬金排水系統工程，要求屏東縣政府應優先排定納入水利署第3階段易淹水治理計畫並逐年分期、分階段排定優先順序，提報水利署補助辦理，並已請屏東縣政府先進行相關之規劃設計工作，以縮短行政作業時程。

重建會表示，萬金社區排水位於東港溪整體整治計畫最上游區塊，在水利署治理規劃由下游往上游辦理原則下，可能到民國102年易淹水治理計畫第3階段結束時，還沒開始進行改善。現在籍由配合新赤農場永久屋基地興建的契機，將基地週邊排水改善工程優先納入易淹水治理第3期計畫辦理，有機會改善當地排水不良的問題，提早解決居民水患之苦。

重建會顏久榮處長表示，新赤農場永久屋計畫目標於今（100）年4月底（汛期前）完工，提供泰武鄉泰武村災民入住，區內公共設施雨排水工程由營建署辦理，在該署專業控管下，必能確保品質。重建會並將列管基地內滯洪池於汛期前完成，以利收納基地本身逕流排水量，基本上不致增加區外原有排水系統的負荷；另外並協調基地聯外排水系統改善於汛期前動工施做，徹底解決當地淹水之苦。