行政院莫拉克颱風災後重建推動委員會南部辦公室表示，影響林邊鄉淹水之排水箱涵A幹線(中山路)及B幹線(仁愛路)最關鍵段(林邊鄉2處最低點至抽水站)，即林邊派出所至抽水站以及火車站至抽水站關鍵段，分別於9月5日及9月6日完成清除淤泥，已能發揮林邊鄉之幹線排水功能，佳冬鄉最低漥地區塭豐村主要排水幹線也已在9月2日全部完成淤泥清除並恢復功能，有效確保該區排水順暢。

據重建會陳振川副執行長表示，莫拉克風災沖毀堤防帶來大量泥砂、淤泥，林邊佳冬地區街道民房堆積塞滿一樓高之污泥，雖在8月底已大致清除街道路面泥砂淤積，惟因排水側溝及主排水箱涵動脈均已被泥砂堵塞，加上民宅陸續清出之污泥，致街道仍顯泥濘，國軍部隊自8月底全力動員投入兵力，協助家園整理清淤、街道清洗，每日達1,400人左右，迄今累計兵力已達13,850人次，鄉民生活已漸就序，目前國軍仍主動積極透過內政部營建署、縣府社會處、志工、加禒堂營區收容中心逐一調查仍有需要配合協助清理家園之災戶共58戶，已配合返家清理完成21戶，尚有37戶未能返家配合，陳振川副執行長再次呼籲災民於本週五前速返家配合，國軍迄今仍隨時備妥兵力及各類機具車輛全力支援協助清理家園。

陳振川副執行長表示，目前政府各部門，包括內政部營建署、交通部公路總局、水利署、環保署、衛生署、國軍、警方以及縣政府各單位、鄉公所，仍投入大量人力全力協助家園清理復原重建工作，重建會南部辦公室亦設置林邊、佳冬前進辦公室，由顏久榮處長負責每日召集各單位檢討工作進度及協調各單位配合事宜，由環保署辦理街道清洗、縣府環保局辦理住家化糞池及連接管清通、國軍全力動員協助衛生署消毒防疫工作，仍有住家污水不通需協助者，請速向鄉公所登記。

陳振川副執行長強調，淤積於私地之淤泥積土，為免防害環境衛生及公共安全，正由縣政府依急迫性分優先順序清理中，並由軍方及警方依據施工區域佈屬交通管制，以保持交通順暢；有關林邊溪淤砂嚴重造成河流改道以致沖毀堤防部分，也已協調由縣政府及國軍動員所有支援之機具車輛緊急清疏河道，目標於9月20日前完成；另林邊鄉及佳冬鄉居民設置防水閘門部分，已奉行政院劉院長指示全額補助，營建署並已訂定「積水地區建築物鼓勵設置防水閘門（板）補助作業規範」，請兩鄉之村里長廣為宣導民眾申請裝設，以防再次淹水。