行政院莫拉克颱風災後重建推動委員會南部辦公室7日表示，農委會林務局自8月24日即辦理清運高雄縣旗山地區漂流木，招標3家廠商進場施作，目前有2家廠商接續在現場清運，其中一家開口契約於9月3日屆滿，正另行辦理招標手續，即日可完成。風災至9月6日止，林務局屏東林區管理處已清運漂流木多達4萬公噸，目前仍持續投入人力、機具全力處理。初估投入該地區之人力約有1,400人次、機具約1,100台，保證會持續辦理招標發包，絶不會讓清運漂流木工作中斷，更不會撒手不管，請農民安心。

南部辦公室進一步說明，旗山地區近日連續好幾天都有午後雷陣雨，讓本來就非常厚重、溼軟淤泥更加泥濘難行，清運漂流木的機具仍經常深陷泥沼中，動彈不得，所以除9月6日這一天下雨導致地面泥濘停工外，每天極力克服本次風災帶來的種種困境，緊急且快速投入全部人力、機具清運漂流木，現場監運人員從早上七時在烈日下工作到晚間不辭辛勞，就是希望能儘快讓蕉農恢復昔日的農耕工作。有關尊懷文教基金會王中義對媒體表示林務局撤離一事，與事實不符，特予澄清。