莫拉克重建區居民最關心的原住民鄉道路復建議題，如台20線高雄桃源至台東啞口路段、台21線小林至那瑪夏路段以及台24線霧台至阿禮路段等，因莫拉克颱風土石洪流過後，河床嚴重淤高，河道擴大讓溪澗變成如河流一樣寬，增加復建工程難度，目前重建工作雖已將原路線提高整建完成及開放通行，但因風災後新增崩土石仍有大量殘留山區坡面，遇豪大雨即帶入河川淤高河床，洪流再次沖刷損壞已通行的道路橋梁，災後山路交通重建策略採搶險、搶通、復建三階段方式妥善進行。

行政院重建會陳振川副執行長表示，行政院吳敦義院長相當關心莫拉克重建區道路橋梁農路復建工作，於100年8月2日第15次政務會談時指示，對於尚未發包或未完工的橋梁及聯外道路，一定要積極完成，因為這些建設與當地民眾的生活緊密相關。重建會將會持續督導交通部公路總局積極辦理南橫公路等路段之長期復建工作，在三年重建期滿前完成永久性離災道路選線及修復方案規劃，以朝向穿山隧道方式規劃興建，避開河道劇烈沖淤變動影響，並由交通部公路總局分期編列年度預算辦理。

對於嘉義、高雄及屏東3縣市之原鄉地區莫拉克颱風時受災最重，不僅部落聯絡道路面目全非，對外聯絡之主要鄉縣道路也柔腸寸斷，這個因素對原民地區復建工程的推展確實有相當大的影響，從一開始災損工程之估算、測繪設計工作就困難重重，也因地方提供大型標案工程資訊不足，影響原民會、工程會審議作業無法進行，在通往原鄉主要道路未完成復建之前，對於原鄉復建工程所需之重機具與資材難以進入，減低營造廠商承作偏遠原民地區工程之意願，再者重建標案數量?大，大部分包商承作主要道路之能量已達飽和，所以發包也不易，此外部份規劃設計公司績效不佳，復以地方行政作業時程較冗長，遲遲無法完成設計成果辦理發包作業，另因縣市合併地方重建組織與承辦人員更替造成延宕，惟經督促後已有改善。

由於山區邊坡仍殘留大量土砂，遇豪大雨即伴隨洪流沖刷而下，雖然提昇後之鋼橋及道路，在遭遇超量洪流時還不至於如88風災造成沿河川全線損毀，且能在短期內完成搶修恢復通車，但為因應氣候變遷異常極端降雨的高致災風險，仍必須另預備有後山維生通路，如台21線小林至那瑪夏路段之替代道路南179線及嘉129線、台20線桃源至復興路段之替代道路玉穗農路等，保持對外聯絡通暢，維護原鄉聚落維生運輸安全。至於將來永久性離災道路則朝向規劃穿山隧道方式興建，以避開河道劇烈沖淤變動影響，公路總局將分期編列年度預算辦理公路建設工作。

重建會強調，為持續加強山區道路抗洪能力，已於100年7月22日第25次行政院重建委員會議同意動用預備金1億元辦理台20線提昇道路緊急保護搶修工程，公路總局亦覓妥開口合約廠商，俾利因應颱風豪雨侵襲造成道路損壞時，立即通知進場辦理道路搶修工作，同時要求縣市政府及鄉鎮區公所做好替代維生道路維護工作，以應不時之需，避免孤島狀況與維護部落維生通行安全。