行政院災後重建推動委員會28日召開第四次工作會議，會中進行「H1N1新流感災區疫情」專案討論，召集人行政院長劉兆玄表示，目前災區疫情與非災區比較並無差異，不過災區有群聚感染的風險，國軍也因頻繁出入災區且普遍過勞而感染風險高，所幸國軍防範得宜，目前災區與非災區疫情尚無差異。

劉院長強調，目前災民即將從收容所轉移到營房，衛生條件相對改善，且營區安置災民後，將結合地方醫療防疫體系、軍醫體系人員進駐營房，合作監控營房衛生與防疫情形，收容災民的營房是8到10人的臥房，不是大統艙式的，符合衛生署建議的注意供水、自然通風、適度隔離的原則。

劉院長並重申政府協助原住民就學的最新措施，就是98學年度，災區就讀高中職的原住民學生，免繳學雜費，下個學年度並將擴大辦理，所有就讀高中職的原住民學生，都免繳學雜費，這是逐步朝教育部原先規劃的12年國教政策辦理，只是先從特定族群開始推動納入原住民學生。

劉院長也表示，有關莫拉克颱風的淹水補助金的發放，中央已將淹水補助金100％發放至地方，縣市發放鄉鎮亦達61％，惟鄉鎮發放至災民的比例僅約8％，他要求儘速督導發放進度。

劉院長進一步說明，有關道路的的搶通工作，六龜大橋29日即可搶通，30日亦可搶通旗尾橋，近日民眾通行該地區，即可縮短通車行程。

另針對漂流木的處理情形，劉院長也表示，目前已處理40萬噸以上，所有漁港進出已無問題；至於處理家畜屍體等其他雜物，亦達99,430噸，目前亦無二次污染的報告。