莫拉克颱風侵襲台灣造成南部國土環境、家園與產業重創，為加速重建工作推動，行政院擬具「莫拉克颱風災後重建特別條例」，經立法院於98年8月27日三讀通過，並經總統於98年8月28日公布，依據條例第5條：「中央各目的事業主管機關應於本條例施行後提出災後重建計畫。重建計畫內容應包含家園重建、設施重建、產業重建、生活重建、文化重建，並應遵循國土保育與復育原則辦理。」

　　行政院莫拉克颱風災後重建推動委員會於98年8月31日召開「研商重建四大計畫」會議，決議重建四大計畫包括：以國土保育為先之區域重建綱要計畫、交通搶修及重建計畫、災後家園重建計畫及災後重建區產業重建計畫，另推動家園重建計畫時，應將文化、生活．產業及心靈等重建納入。」

　　行政院莫拉克颱風災後重建推動委員會已於98年9月6日第3次委員會通過經建會研提「以國土保育為先之區域重建綱要計畫」，並於98年11月25日第8次委員會通過交通部彙整「莫拉克颱風災後基礎建設重建方案」，98年12月30日第9次委員會通過經建會彙整「莫拉克颱風災後重建區產業重建計畫」以及內政部彙整「莫拉克颱風災後家園重建計畫」，至此，災後重建四大計畫已完成，重建工作進入新里程。

　　後續，行政院莫拉克颱風災後重建推動委員會將與相關部會，依據四大重建計畫，協調縣(市)政府，就各災區實際重建需要等事項，結合民間企業、慈善機關與地方政府一起推動重建工作。