針對媒體報導災區乳牛淹水後軟腳病死，泡水牛隻乳品品質遭質疑一事，農委會表示，88水災後受災酪農戶所飼養泌乳牛若不予特別照顧，有可能會出現罹患乳房炎及急性蹄葉炎現象，酪農戶均將其隔離擠乳，未將乳房炎的生乳混入交乳，因此繳交至乳廠的生乳品質是絕對合格的，所產製的鮮乳品質衛生安全無虞，請消費費者安心飲用。

農委會表示，現行酪農繳交生乳的檢驗制度十分嚴謹，且已行之多年，其中針對離患乳房炎牛隻所產生乳的檢測，計有酒精試驗及體細胞數二項把關，凡是罹患臨床性乳房炎牛隻的生乳，一定無法通過交乳檢驗，將會遭乳廠退乳，且各乳廠均有連坐法處分機制，嚴重者甚至須賠償全車總乳損失，賠償金額動則數十萬元；因此，酪農十分注重繳交生乳的品質，乳房炎牛隻一律隔離擠乳，其生乳予以廢棄或餵小牛，絕無繳交乳廠情事，即令目前缺乳時期，乳廠亦不會放寬收乳標準。

農委會說，有關受災酪農戶未來重建工作，該會已採行多項措施，包括成立畜牧技術服務團，結合該會畜產試驗所、產業團體及學術界專家等，主動至災區受災戶進行重建工作之技術服務，目前已派遣40人次，服務28個受災酪農，生產作業已陸續恢復中；此外，農委會也積極規劃莫拉克颱風災後重建計畫，將受災戶未來投入重建所需設施、機具、生產資材及動物等均納入該計畫補助項目，期許加速完成酪農戶之重建工作，恢復正常運作。

農委會最後表示，一般治療乳房炎的療程約2週，因此災後罹患乳房炎牛隻已進入康復期，並將陸續加入產乳行列，國內酪農生產作業及鮮乳產銷亦將逐漸恢復正常運作，請消費者繼續支持選購國產鮮乳。