針對商業周刊1238期以「永久屋猴急拍板 小林村走上分裂」為題，指稱小林村才270戶，竟分遷於兩地三區，行政院重建會說明如下：

對於小林村倖存居民以及繼承者的安置問題，98年9月11日行政院長吳敦義上任後第二天，訪視龍鳳寺與小林村民座談，座談中對於安置地點，有些人想要追尋就業機會，選擇月眉農場，有些人想要照顧家園，選擇在五里埔，因此，吳院長當時即徵詢在場的高雄縣楊秋興縣長、余政憲委員、鍾紹和委員、黃昭順委員、簡東明委員、侯彩鳳委員等意見後，即席承諾：「永久屋興建地點之選擇將尊重受災鄉親意願，但仍請考量一定經濟規模效益，單一地點若有50戶以上表明遷住意願，即可規劃永久屋興建。」

另外，該周刊提及「災民如接受無償永久屋，則須簽下贈與合約，確認在遷入永久屋三個月內，放棄原有居住地的產權。」此段報導有失偏頗，政府因考量「災民安全」，與災民簽定贈與合約協議，「災民仍擁有居住地的產權，但不得再回原居地居住或建造房屋。」以保障災民安全，避免二度受災。

重建會強調，災後小林村民，最早一批62戶即已由中央政府、高雄縣楊秋興縣長與慈濟基金會等協助下，於99年2月間首先入住杉林慈濟大愛園區外。另有89戶考量部分民眾於原居住地尚有耕地需維護，希望繼續安置於小林村原址附近，選擇登記於小林村的五里埔基地，亦已由紅十字會援建，於100年1月15日入住。至於有些年輕人不願觸景傷情或考量就業、教育等原因，希望於平地另闢新家園，且希望紅十字會協助援建，經重建會多方努力與協調，99年8月8日總統宣布小林二村即日進行重建，行政院隨即與當時的高雄縣政府楊秋興縣長及永齡基金會協調，提供原規劃有機農場土地，並由紅十字會援建，依其意願安置於接近杉林區之小林二村。

小林村民對安置的方式、地點及發展特色，村民間有不同的規劃，98年11月8日小林重建發展協會召開會議決定：將小林村重建工作分為兩部分，登記在五里埔永久屋，將以『文化小林村』為重建主軸，公廨、紀念碑等都會建在五里埔；另登記住在月眉的永久屋，則定位為『特色小林村』，將平埔文化的生活融入建築風格，連結五里埔帶動當地觀光事業。

目前小林村原址正進行進行規劃綠美化工程、經濟部河川局也在評估河川護岸工程。其他小林村重建工程，如供後人追思憑弔之小林村罹難者紀念公園、提供展示文物及傳承文化之平埔文物館、及永久屋基地各項生活、就業、文化、景觀相關公共設施，也如火如荼進行。