行政院莫拉克颱風災後重建委員會為推動綠色能源與節能減碳政策，自4月起陸續邀集經濟部能源局及災區各縣政府召開會議，針對南投、嘉義、高雄、屏東等縣各永久屋基地導入綠能設計，目前能源局核准補助設置太陽能併聯發電系統共13座；受災於洪汛期易形成孤島之區域，設置緊急防災系統136座；重建學校設置併聯型系統5座，平時除可供基地公共設施部份用電外，當發生重大災害而對外交通中斷時，即可使用該系統作為對外通訊的備用電源。另優惠補助永久屋住戶裝設太陽能熱水器集熱板面積每平方公尺4500元（約佔總費用40%），並請各興建永久屋的慈善團體採購具環保、節能、省水標章的產品，安裝於永久屋中，朝綠建築目標邁進。

為協助屏東縣東港、林邊與佳冬嚴重地層下陷地區農民與養殖業者產業升級轉型，在經建會協調與屏東縣政府推動下，目前規劃「以種電代替種田、養電代替養魚」，協助災區產業受創之受災戶快速回復經濟自主能力，更兼顧國土復育改善地層下陷問題，為加速推動進度，台電公司先進行25MW第一期太陽光電發電兼農業示範區，目前計有5家廠商將進行6個區段的太陽能發電建置作業，並期於99年12月31日前與台電完成簽約作業，另後續2、3期計畫(300MW與100MW)因涉及輸變電設施巨額投資，已請經濟部與台電公司進行評估後再續行會商。