行政院莫拉克重建會召集人吳敦義院長指示重建業務須無縫銜接，重建會於五都大選後除立即致函重建區新直轄市長當選人、高雄縣市及臺南縣市政府，並陸續拜會相關縣市首長及工作團隊，積極與重建區相關縣市溝通協調，期許新直轄市長當選人及各相關單位人員對災民服務與災後重建業務，不可因縣市合併出現空窗期。

重建會副執行長陳振川於本（12）月12日參加日本土木學會頒贈「原台南水道園區」為土木遺產的典禮上，向台南縣蘇煥智縣長表達感謝之意。他表示，在蘇縣長帶領團隊努力下，各項重建工作順利推展，如台南縣玉井永久屋基地已順利完工進住，善化地區農地回填復耕工作也由縣府善款及中央經費補助積極推動中，將可如期於明(100)年4月底前完成，希望縣府團隊能持續執行相關計畫，使災後重建與災民服務工作，不因縣市政府合併而有所延宕。

陳副執行長另於16日前往拜會高雄縣楊秋興縣長及高雄市府團隊，除稱許高雄縣政府重建團隊在楊縣長領導下展現高重建效率，並對其在災後重建的投入與貢獻表達感謝。陳副執行長與高雄市府團隊進行重建工作意見交流時強調，高雄縣政府在所有災區中重建工作執行力最強，許多作法為各災區其他縣市的重建典範，所屬重建會工作人員經驗豐富，希望高雄市政府能在行政上無縫銜接，並延續此一良好互動模式，讓各項重建工作能順利推展，切勿造成業務空窗期；另外也提醒高雄市政府要多費心注意工作界面的問題，尤其高雄縣受災居民多為原住民，後續衍生的文化產業問題將更為繁雜。

重建會執行長林中森於昨（17）日重建會第32次工作小組會議中再度勉勵相關部會及災區縣市政府持續合力推動重建工作，尤其五都大選後，屬重災區的高雄縣與高雄市合併，台南縣市亦同，在行政組織及人事等將有重大改變，幕僚單位更應協助檢核，切勿因首長更迭延宕重建工作的推動，全力協助重建業務無縫銜接順利推展。

重建會表示，希望新直轄市政府要注意重建工作之銜接與執行，中央及重建會也會適時提供建言及協助，使重建工作不因行政區域調整而受影響。