行政院莫拉克颱風災後重建推動委員會29日於高雄旗山八軍團召開第5次災後重建工作小組會議，行政院長劉兆玄表示，現在採取的災民安置策略將以「永久屋為主、組合屋為輔」。
劉院長強調，救災要快，重建要細，但對於臨時安置的災民也要讓他們在比較舒適及安全的地方， 如果決定遷村，也希望將災民安置到永久屋，對於有特殊需要的地區，組合屋也可以繼續進行，將正在興建的組合屋繼續完工。未來若有新組合屋的需求，必須向地方重建委員會報准，並轉知中央重建委員會後方能建造。劉院長進一步解釋，若只從供應面不考慮到需求面，每個熱心的公益團體都有興建數千戶的能量，如果未加協調，屆時會發生組合屋過多但無人居住的問題。
劉院長說，林邊鄉因為污泥淤積所衍生的環境衛生問題，經過衛生署專案調查民眾意願，目前有一百八十九戶同意晚上暫時撤離，依調查結果發放撤離災民相關補助。
劉院長表示，中央政府對淹水相關補助已經百分之百撥付給縣市政府，縣市經中央督促後撥付予鄉鎮達百分之六十二，鄉鎮發放給災民達百分之三十二點九，希望縣市能再加快速度辦理，未來若無法有效撥放，政府不排除公布績效不良的縣市與鄉鎮市。另外，這次颱風帶來的嚴重農損，經農委會勘災普查後，累積已高達一百六十四億七千萬元，預計將於九月中旬至九月底前將農損經費全部發放完畢。
劉院長也針對漂流木的處理情形表示，莫拉克颱風造成40萬噸以上漂流木，目前受影響的漁港均已完成清除作業，船隻進出安全無虞。農委會主委陳武雄也補充屏東縣九如鄉漂流木處理情形指出，鄉長曾要求農委會處理運送漂流木需出具公文，但出具公文後，仍需繼續派人協
商，報載農委會處理漂流木不力一事，與事實不符。
另，針對媒體報導國軍協助林邊等災區清除積水及淤泥跳票一事，重建會副執行長陳振川也特別澄清表示，國軍協助清除積水及淤泥工作已告一段落，將路面讓出來進行後續雨水下水道幹管清淤工程。國防部趙世璋副部長並表示，國軍清淤工作已完成，並獲林邊鄉鄉長及所有村長簽署救災復原簽證同意書，現場提供同意書以為佐證。