有關媒體報導重建預算執行率56%，金管會掛零一節，行政院莫拉克颱風災後重建推動委員會說明如下：

　　本案行政院莫拉克重建會均已於3月31日及4月1日提報重建會委員會議及行政院院會。吳院長針對本案指示，各部會重建工作內容不一，應將實際執行情況及工程難易程度等因素一併考量，本於權責加強督導，落實推動。同時，部分補助地方政府執行計畫，因為地方地府，尤其是落實到鄉鎮(市)公所人力不足，至作業延遲，各部會亦應積極主動，會同工程會給予必要的協助。

　　重建會指出，有關金管會重建預算執行率不佳，係因立法院於98年11月中旬始通過本案補貼與補助款及經理銀行之預算，相關經理銀行亦於99年1月5日決標選定，為利金融機構有充裕時間上傳檔案並向經理銀行提出申請，爰將金融機構向經理銀行提出撥付補助及補貼款項之第一次申請日期訂於99年1月15日，另經理銀行已於99年2月15日向本會提出撥付申請，目前金管會刻正審查中。

　　至於行政院原民會執行率偏低之原因，係因為該會已核定案件刻正由地方政府辦理規劃設計中，尚未達撥款進度，原民會表示將督促各地方執行單位加強執行。

　　重建會表示，重建會已會同主計處、工程會與研考會等單位，共同督促各主管部會注意預算執行進度，並請各主管部會積極推動，以確保如期如質完成重建工作。