本次莫拉克颱風降雨量前所未見，於全台各地均造成嚴重災情，政府為儘速完成重建工作，依據「莫拉克颱風災後重建特別條例」編列特別預算，並成立莫拉克颱風災後重建推動委員會（以下簡稱重建會），全力投入重建工作，各部會核定重建工程預算，均依地方提報時程加速趕辦，並無遲緩。

　　重建會表示，行政院各部會於98年11月10日立法院通過特別預算前，均已先行移緩濟急辦理各項工程，截至98年11月27日，有關基礎設施重建部分移緩濟急預算共計約149億元，標案件數1,194件，其中1,134件已辦理規劃設計，占標案總數94.97%，並已完成發包753件，發包率63.07%。重建會為因應屏東縣林邊佳冬地區嚴重災情，於8月25日成立「林邊及佳冬地區淹水問題專案小組」，並於8月31日進一步成立「林邊、佳冬前進辦公室」進駐災區，屏東縣原預估需要4個月完成之家園重建工作，經整合中央地方工作團隊日以繼夜推動，僅花50天即完成，迅速恢復居民往日生活環境秩序，在莫拉克颱風災後重建工作上留下一頁可貴的紀錄。另外，所有在風災中受損的公路，交通部已於4個月內全部搶通，且大多數都較預訂時程提早，如台20 線六龜-桃源路段原訂98年12月31日完成，台21線旗山-甲仙-那瑪夏路段原訂99年2月28日完成，均提前於98年11月30日搶通。另經濟部水利署搶險工程63件已全數完成，搶修工程118 件，已完成95件，並預定於98年12月底前全部完成；農委會緊急搶修通239處、搶險搶修45處均已全部完成。政府在第一時間搶修搶險績效卓著，有目共睹，不容扭曲。

　　重建會表示，為加速災後重建工程之推動執行災後重建工程審查作業，行政院特頒訂「莫拉克颱風災後重建工程審議作業要點」，重建工程之審查作業，授權由中央主管機關直接核定各項重建工程經費，無須再提送工程會重複審查；而審查過程中若有相關困難或疑義，則由重建會依「莫拉克颱風災後重建特別條例」予以協助，以加速審議時程。各主管部會為利復建工程時效，早在風災過後即分別請各地方政府提報復建需求，並積極安排審議會議審查地方政府提報之工作計畫，協助釐清致災原因及提供專業技術之建議，並請各地方政府於特別預算通過前先行辦理招標前置作業，或以保留決標的方式先行辦理發包，以便於立法院特別預算審議通過後，可以馬上推動相關工程。

　　至於台南縣政府及高雄縣政府質疑各部會核定速度緩慢1節，經部會反應有部分工作計畫縣府遲至10月份甚至更晚才提報，各部會依程序需安排會勘及審議，審查所提工作計畫內容，又需待特別預算通過後，始能正式予以核定，各主管機關都已盡最大努力，加速行政流程。

　　以台南縣政府為例，提報交通部申請補助共計140件，交通部已核定126件，未核定的14件係因縣府重複提報予以刪除；提報經濟部水利署申請補助共計181件，水利署已完成審議程序，核定174件，未核定的7件原因為所提報工程「無明顯構造物損壞或無設施損壞」；提報內政部營建署申請補助共計45件，營建署已核定34件，未核定的11件係因縣府重複提報，或工程內容非屬莫拉克颱風災損而予以刪除，因此，臺南縣應予核定部分均已100％核定，並無報載所稱核定偏低之現象。

　　至於高雄縣政府部分，提報交通部申請補助共計57件，交通部並已核定54件，未核定的3件係因工程內容非屬莫拉克颱風災損而予以刪除；提報經濟部水利署申請補助共計115件，全數通過水利署審議；提報內政部營建署申請補助共計80件，營建署已核定76件，未核定的4件係因縣府重複提報，或工程內容不符而予以刪除，但有部分案件因營建署實地查核建議變更工法或寬列偏遠地區工程預算，整體核定經費甚至高於原提報經費，報載所稱預算核定僅0.13％，純屬誤解。

　　重建會亦表示，原民會主管部分復建工程因位處山區交通中斷，影響勘災進度，高雄縣政府遲至98年12月2日才提報共104件，目前原民會正積極辦理審議工作，並將儘速協助縣府完成核定程序，這也是目前高雄縣政府復建工程核定件數比率偏低的主要原因。

　　重建會表示，莫拉克颱風災後重建特別預算經立法院審議後，共計核定1,165億元，全數以舉債方式支應，其中重建工程部分佔711.36億元，分由中央部會及地方政府執行，但因重建整體預算不足，地方政府提報經費已超過原匡列預算，各地方政府應視重建工程輕重緩急順序，循程序由其他預算分年籌列經費辦理。例如高雄縣政府反應某道路工程經費提報30億，中央僅核定11億，經交通部瞭解後表示，該工程係六龜鄉高 133線整合災修重建工程，縣政府提報了38.4億元，超過行政院核定「莫拉克風災公路系統搶修及復建計畫」該項工程匡列經費10.96億元，考量特別預算額度有其限制，暫時依原匡列額度編列。

　　在如此嚴重的天災下，重建工作經緯萬端，不論民間或政府、中央或地方，都竭盡心力辦理各項搶災搶險、居民安置、社會救助、災後復建等重建工作，中央各機關在協助地方重建工作上也絕無怠慢，全國各界更應齊心齊力，攜手合作，儘速完成災後重建工作。