在全球資源逐漸缺乏及氣候劇烈變遷的環境中，為有效利用天然能源並減少對環境的破壞，行政院重建會積極推動綠色能源與節能減碳政策，導入永久屋基地、防災避難設施等重建工作中，自去(99)年4月起陸續邀集經濟部能源局及災區各縣政府召開會議，針對災區各永久屋基地導入綠能設計，並結合各慈善團體進行災區綠能建設。

目前經濟部能源局核准補助各縣災區永久屋基地，設置13 座太陽能併聯發電系統；並在汛期易形成孤島之區域，設置緊急防災系統82座，重建學校設置併聯型系統6座，合計南投、嘉義、高雄及屏東等災區共設置101座，補助經費約1億2仟多萬元。太陽能併聯發電系統平時除可供基地公共設施部份用電外，對偏僻山區的村落，當發生重大災害而對外交通中斷時，即可作為緊急對外通訊的備用電源。

裝設太陽能熱水器部份，政府結合NGO團體共同打造綠能永久屋基地，除由能源局優惠補助永久屋住戶比照離島地區，補助裝設集熱板面積每平方公尺4500元外，各地方政府或NGO團體也以善款補助，目前已完成安裝高雄市五里埔第1基地及南投縣鉅工段基地共100戶，未來雲林縣古坑鄉東興段永久屋基地也有28戶將安裝完成，以張榮發基金會援建的南投縣鉅工段基地為例，除由能源局補助外，其餘費用由該會全額補助，展現NGO團體與政府落實綠能政策的用心。行政院重建會並重申：請各興建永久屋的NGO團體採購具環保、節能、省水標章的產品，安裝於永久屋中，使災區重建朝綠建築目標邁進。