交通部長毛治國24日參加阿里山公路一般小型巴士通車活動時指出，未來阿里山森林鐵路將委由台鐵經營管理。宏都阿里山公司對此表示尊重，但表示須依據原有BOT合約內容。

88水災後，阿里山森林鐵路受創嚴重，鐵道路基流失、隧道坍方，修復經費，難以估算。雖然農委會希望能早日修復，重振阿里山地區的觀光產業，但森林鐵路已民營化，農委會所轄的嘉義林管處必須與民營的宏都阿里山公司協議修復經費；不過，目前仍無共識。

毛治國說，就森林鐵路修復及未來經營管理等問題，交通部已與農委會進行討論，基於阿里山區交通及觀光發展，農委會正積極著手解決阿里山森林鐵路的BOT合約。

毛治國強調，農委會與交通部已達成共識，農委會只要能解決BOT合約問題，並取得阿里山森林鐵路產權後，台鐵將會接受農委會委託，接手森林鐵路的經營管理。

行政院長吳敦義24日到嘉義關心就業問題，對此他說，88水災重創阿里山森林鐵路，短期難以用維修方式恢復通車，但國寶級的阿里山森林鐵路的特色需維持，未來如何修復，或是建造纜車，交通部和農委會都會妥善規劃。

經營森林鐵路的宏都阿里山公司指出，尊重政府的政策，但一切都必須依據原有的BOT合約內容，公司立場也是希望阿里山森林鐵路早日恢復營運。