曾文越域引水工程是否為小林村滅村之元兇？爭議不斷。該項工程是否續建或尋求替代方案，水利署28日表示，目前暫時停工將俟工程會與國家災害防救中心專案小組調查報告出爐後再行研議，該署也會全力配合提供資料，讓真相早日大白。

水利署指出，有關小林村災害鑑定工作，行政院對此相當重視並責成工程會等單位組成專案小組同時也邀請土木水利學會參與，以更大的平台讓專家學者之建言能參與，使公正及客觀性達到社會及民眾的認同。

該署也表示，曾文越引工程已暫停施工，惟因工區現場仍屬開放性工作面，為避免發生二次災害，必須施作必要之安全措施（隧道襯砌及洞口封堵），水利署也會妥向民眾說明，以減少不必要之疑慮，對於水源之調度，因短期缺水時將以調度農業用水因應，長期仍應推動高屏大湖工程等水資源計畫，以滿足未來用水需求。