行政院長劉兆玄今9月1日赴高雄縣旗山鎮視察溪州排水疏通、旗山溪疏濬及堤防加高工程，在聽取水利署簡報後裁示，旗山溪的疏濬工作由中央負責執行，一定要在明年汛期來臨前限期完成，另外，旗山堤防加高工程，雖然該堤防經高雄縣定為古蹟，如果堤防加高工程和文化古蹟相牴觸，應提到重建委員會研議，一定要以人民生命財產為優先，並盡可能兼顧文化的需求。

院長同時指示經濟部水利署，應先協調旗山溪疏濬工程需徵收的私有地地主，請地主先行同意土地使用，讓疏濬工程先開工，待重建條例特別預算經立法院審議通過，完成相關行政作業後再辦理徵收事宜。

劉院長今天向在場民眾宣布，疏濬要做，堤防要做，橋壞了也要修。他承諾溪州居民先建便橋，並指示經濟部長和交通部長研議規劃溪洲大橋。他強調，旗山溪的整治目前即使不能百分之百徹底，但是至少要立即改善現在的情況，指示經濟部應把政府治理旗山溪的做法及理由透過說明會上向鄉親說明。

根據經濟部水利署簡報，旗山溪舊旗尾橋上游約1084公尺堤線內約有69筆私有土地，面積約13.30公頃，徵收所需費用概估約6億元，已列入「莫拉克颱風災後重建特別條例」相關預算。