莫拉克颱風造成全台多處河川溢堤，行政院經濟建設委員會通過以103億元特別預算，由經濟部辦理中央管河川復建工程，對於是否提高洪水標準，經濟部將於半年內提出處理原則。

經濟部日前提出「中央管河川復建工程計畫」，經建會原則同意，總工程經費 103億元，由莫拉克特別預算支應。

經建會表示，莫拉克颱風造成濁水溪、北港溪、八掌溪、朴子溪、急水溪、曾文溪、鹽水溪、二仁溪、阿公店溪、高屏溪、東港溪、四重溪及卑南溪等水系河川溢堤或破堤等災害。

經建會表示，為避免颱洪可能再度來襲衍生的二次災害，經濟部水利署已進行緊急搶修險工程，但仍需持續辦理復建，以維持河防安全，尤其高屏溪及東港溪等水系需疏濬，曾文溪部分河段尚未完成治理，都將納入計畫辦理。

經建會表示，這項計畫完成後，高雄縣林園鄉、六龜鄉、旗山鎮及屏東縣高樹鄉等區，可達河川 100年洪水重限期保護標準，改善淹水面積約3400公頃。

經建會表示，這項計畫施作區位不得與經濟部「重要河川環境營造計畫（98-103）」重疊；此外，到11月底前仍為防汛期間，除請經濟部儘速完成搶修，針對是否提高設計洪水標準及堤防結構強度，則請經濟部於半年內提出處理原則，作為重建或改建依據。