報載質疑治水預算編列蓋區域防洪指揮中心不當。經濟部水利署署長楊偉甫表示，工程與非工程措施要齊頭並進才能治水，防洪指揮中心是非工程措施重要一環，必須加強建置。

中時報導「中央政府易淹水地區水患治理計畫」分8年編列新台幣1160億元特別預算。水利署第二期特別預算編列2.9億元蓋「水情中心」，實際卻要蓋辦公大樓，遭立委抨擊並刪除。但目前待審的第三期特別預算案，又「借屍還魂」編列1.5億元，擬建「區域防洪指揮中心」。

楊偉甫表示，治水預算絕對沒用在蓋辦公大樓上，相關報導有所誤解；目前需要趕快建立的是防洪指揮中心，治水工程跟非工程措施要齊頭並進，尤其是非工程部份需要進行資訊傳遞與搜集，例如動用大量抽水機，就是透過防洪指揮中心調度才有辦法配合，也才能進行緊急救援。

他說，目前治水預算已訂定相關規定，讓各河川局遵守；莫拉克風災後，行政院經濟建設委員會也要求加強非工程措施設備的建置，顯示防洪指揮救援系統的建立相當重要，因為這方面包含資訊傳遞中的通訊系統、指揮系統及相關執行人員所需設備等建置，都需要建立起來，才能運作。

他說明，去年預算審查時，原編列2.9億元水情中心預算，經酌減為2.6億元後已通過，此預算並非沒通過；相關經費的使用非常審慎，由河川局規劃當中，並沒有用在蓋辦公大樓上。

對於「應急工程費」讓外界有「小型工程款」或「私房錢」等負面聯想，他說，應急工程就像是人生病要掛急診一樣，有些水患發生是小問題造成的，例如瓶頸路段的橋樑長寬不夠，這類局部問題使用應急預算處理相當成功；且這些工程預算的運用有審核機制，會到現場勘察，不會淪為小型工程，有必要才會執行。