經濟部水利署長陳伸賢11日表示，88水災復建急要工程的階段目標預計在明年汛期前完成，另外，中央已編列99年度新台幣 774億預算治理水患，重要河川均納入整治計畫。

陳伸賢11日出席全國治水會議，針對疏濬工程進度表示，目前有16件工程正在施工，已完成67萬立方公尺疏濬量。另外在財源籌措方面，行政院已同意由特別預算撥款60億辦理用地取得，幫助疏濬工程進行。

陳伸賢表示，希望在明年6月底完成總量2500萬立方公尺砂石疏濬的階段目標。

陳伸賢表示，未來水患治理不能靠單一機關解決，應系統化整合中下游水、土、林一併治理，並結合國土規劃、綜合治水整體規劃，限制不當開發，落實流域管理，確保治理成效。

另外，與會的台南縣長蘇煥智針對水患救治提出6大訴求，他表示，政府應徹底治水，擴大治水預算至4年5000億；成立流域管理局，整合河川上中下游及海岸權責單位，有系統的治水。

楊秋興提出，政府應擴大8年800億縣 (市)管區域排水治水特別預算規模達5年3000億，全面系統化整治區域排水。

高雄縣長楊秋興表示，目前政府疏濬速度太慢，預估要花56年才能將所有砂石淤積清除。他表示，政府在非常時期要有非常手段，應與民間合作疏濬，提供怪手清淤，目標在砂石清疏，而不應與人民斤斤計較價錢。

屏東縣長曹啟鴻表示，林邊溪有截彎取直工程導致水患來時沒有緩衝區，以及地層下陷等問題，然而在89年改為縣管河川後，治水預算不足，因而在88風災中災情嚴重。

另外，曹啟鴻表示，養殖業災情也很嚴重，政府應思考如何利用砂石填積改善養殖業環境。