選舉近，災後重建進度受質疑。農委會漁業署表示，莫拉克災後逾1年，逾9成養殖漁業已完成復建，重災區的屏東縣也已完成逾8成、597.69公頃的復養工作。

漁業署表示，莫拉克風災特別預算為98到101年，經費分4年編列，包括短期內實施養殖漁業產業輔導專案措施，補助漁民復養相關資材，截至8月底計核撥7819戶，計新台幣5億9000餘萬元，復養魚塭面積約1萬251公頃，牡蠣290.95公頃、125棚。

漁業署指出，另為迅速恢復養殖，補助辦理清淤或客土、魚塭消毒或水質改善、購買魚苗等漁業產業重建措施計畫，受益面積達1.4萬公頃。

同時，莫拉克災後養殖設施復建工程7億元，已辦理跨年度漁業復建工程核定45件、5.9億元，迄今完工26件，以執行養殖魚塭集中排水路基礎設施復建與海水供應設施整建等工程。

上述工程的推動，已使受損較輕的高雄縣及台南縣於去（98）年恢復養殖，並陸續供貨；另屏東縣林邊災後投入復養生產的魚貨，也自今年6月10日陸續出貨。

漁業署表示，迄今已完成全國逾9成復養成果，預計今年底完成階段性重建復養工作。