莫拉克颱風釀成重災，外界都把矛頭指向水利機關，但治水專家認為目前河川上中下游分屬不同機關，介面過多難以整合，要治水，得先成立跨部會的流域整體治理單位。

前水利署副署長、逢甲大學水利工程及資源保育系兼任副教授吳憲雄11日出席「全國治水會議」指出，政府近10年來，每年投入新台幣800至1000億元用於水土治理及災害救助，但因缺乏整體規劃，難有預期效果。

淡江大學水資源管理與政策研究中心主任虞國興也表示，治理介面未整合，導致各機關協調不足，是當前治水的一大問題。

他指出，目前河川上、中、下游分屬不同機關，林務局主管上游水源涵養，水保局主管中游山坡地，下游平地部分分別由營建署、農委會和水利署等單位治理。

虞國興舉例，荷蘭1953年因洪水造成逾1800人死亡後，成立三角洲委員會（Delta Commission），進行為期40年的防洪建設，建立全球防禦能力最強的防洪系統，直至1997年才功成身退，就是專責機關成功的案例。

有鑑於全球氣候變遷的效應增強，2007年荷蘭再度成立三角洲委員會，預定明年起至2100年間，每年投入約15億歐元（新台幣600億元）。虞國興認為，台灣應效法成立以治水為核心職能的專責部會，以因應未來更多威脅。

國立成功大學副校長黃煌輝也強調「河川是不能切割的」，任一河川的上中下游及海岸環環相扣，必須整體看待並管理。

黃煌輝主張，為避免各分散機關各行其政，效率不彰，應成立高階的流域治理管理委員會，邀集水利、水保、林務，甚至檢調單位加入，以釐清職責。只要制度規畫完善，無論誰在位，都不會影響治水績效。

根據行政院組織改造規劃架構，未來將成立「環境資源部」，統整環境保護、環境監測；森林保育、國家公園及生態保育；水利、水土保持；地質、礦業，以及氣象等五大區塊。