莫拉克颱風過境，曾文溪下游大內、善化等7鄉鎮發生淹水災情，居民誤解為是曾文水庫洩洪造成，12日台南縣八八水災受災戶正式提出總計20件求償約1億1,000多萬元的國賠請求。水利署副署長吳約西表示，莫拉克颱風陸上警報98.8.6發布當時，曾文水庫水位僅194.68 m(蓄水率約24)；颱風期間集水區總降雨量達1,710 mm，最大洪峰流量達每秒11,729 m3，經水庫調蓄後，最大排洪量為每秒8,367 m3，已降低洪峰流量每秒3,362 m3；另水庫上游總進洪量約10億m3，經水庫攔蓄4.6億m3，已有效減輕下游洪災；且水庫運轉操作均依相關規定辦理，此次颱風雨量太大，實屬前所未有，曾文水庫已盡力攔蓄洪水降低洪峰量，直至滿庫且有潰堤之虞，始不得不進行洩洪作業。其下游之溢堤，實係超大豪雨帶來超大洪流，雖經水庫攔蓄仍超過下游防洪設施保謢標準所致。

吳約西強調，為澈底解決曾文溪水系洪患，水利署已先辦理堤防工程之搶修及復建，並已編列「曾文溪治理工程實施計畫」21億納入特別預算辦理，期全面改善曾文溪水患，並將比照淡水河設置洪水預警報系統，以增加防災避災功能，至於民眾要求國賠，將全力配合相關調查與鑑定。

另外，八八水災重創高雄縣六龜寶來溫泉區，業者關心可能是曾文水庫越域引水工程不當堆置土方，導致荖濃溪床墊高闖禍，吳約西表示，依據農委會水土保持局調查資料顯示，荖濃溪上游集水區在風災前崩塌地有1,853處，風災過後增加到7,864處，總崩塌面積也從原2,464公頃擴大至11,075公頃，故荖濃溪及寶來溪河床嚴重淤積，導因於88風災帶來史無前例的雨量，沖刷河道兩岸，造成溪流沿岸很多崩塌，量體驚人，因而導致災害。

吳約西進一步表示，據該署南區水資源局查估荖濃溪及寶來溪，自桃源鄉勤和村到六龜鄉寶來溫泉區長約15公里以上，淤積土方量至少4,500萬立方尺以上，曾文水庫越域引水工程在勤和村施工，開挖土方量總計約8萬8,000立方公尺，且依規定堆置在合法土方堆置場，非堆置在河岸，曾文水庫越域引水工程堆置的土方量，與溫泉業者指責河床墊高30公尺的淤積土方量，完全不成比例。