中央政府編列的98至101年度莫拉克颱風災後重建特別預算，立委發現，其中夾帶新台幣48億餘的新流感防疫預算，行政院衛生署解釋，防疫物資一定優先用在災民身上。

衛生署長楊志良10日隨同行政院長吳敦義視察國光生技公司，他透過幕僚表示，各項防疫措施一定優先用於災民身上，先前民進黨立委黃淑英質詢相關問題，已解釋經費用途。至於衛生署其他官員，對於這項預算編列，並無詳細說明。

莫拉克風災災後重建特別預算書第99頁，內容列有：購買國外H1N1新型流感疫苗500萬劑共19億1640萬元、購買國外疫苗相關費用2102萬元、補助醫療院所接種670萬人次H1N1新型流感疫苗接種診察費10億500萬元、採購克流感抗病毒藥物10億3866萬元、快篩試劑3億元、季節流感疫苗接種行政作業5億197萬元、多重病毒基因表現儀500萬元。

衛生署只向諾華藥廠採購500萬劑新流感疫苗，這份預算書意外讓諾華疫苗價格曝光，每劑價格約383元，衛生署另向國光生技採購1000萬劑新流感疫苗，每劑199元，兩相比較，諾華疫苗比國光疫苗貴了將近一倍。

衛生署疾病管制局長郭旭崧指出，新流感的防疫經費約100億元，其中新流感疫苗及接種費用就佔了60億元，其餘40億元，主要用於採購防疫藥品。

衛生署10月2日在官網公告的99年健康照護基金預算中，在疫苗接種計畫項下，編列了13億6000餘萬元，主要也用於採購新流感疫苗。

據黃淑英的了解，莫拉克颱風重建特別預算以及疫苗接種計畫費用加總，不足以因應新流感防疫經費的部分，才由衛生署第二預備金支應。

黃淑英質疑，衛生署輕忽新流感疫情在先，因而短編防疫經費，接著將88莫拉克颱風災民予以疫情污名化，才在災後重建特別預算中夾帶48億餘元的防疫費用，向災民揩油。