莫拉克颱風帶來龐大雨量，高屏溪上游旗山溪、荖濃溪沿線崩山，兩條溪流與高屏溪嚴重淤積，水利署第七河川局勘查後擬訂疏濬計畫，有緊急狀況的河段將優先疏濬。

水利署第七河川局長張良平4日表示，高屏溪流域沿線崩山，土石滑落溪床，將溪床墊高，需要疏濬，這是長期作戰，已派員勘查後擬訂疏濬計畫，爭取特別預算排定先後順序疏濬。

大樹鄉長曾英志向行政院長劉兆玄陳情，高屏溪嚴重淤積，堵塞全鄉13條排水系統、無尾溝出口，如再下大雨，將造成嚴重淹水。張良平表示，這是緊急狀況，預計10月底疏濬。

張良平4日下午率同水利署人員勘查六龜鄉寶來荖濃溪河床，這段溪床嚴重淤積，被災民認為是台20線省道南橫公路「寶來二號」橋8月9日斷裂及寶來街區淹水的主因。