行政院長吳敦義24號視察台東縣莫拉克災區重建工作，對於進行中的河道疏通工程，吳揆指示，應該以原有的河線做好堤防，還道於大自然，才能避免災害再次發生。至於因此而流失的農地，吳揆則表示，政府會儘量協助農民取得合理的補償。

在去年八八風災中，台東縣太麻里鄉因為流失或被土石覆蓋的土地面積約有253公頃，許多農地到現在都還無法復耕，農民損失相當慘重，為了避免憾事重演，行政院長吳敦義24號到台東視察災後重建進度時特別指示，河道疏通一定要做好，尤其要依照大自然原本的河道寬度來做堤防。

不過，農民反映，若照河道的寬度做堤防，原先在兩旁的農地就無法再使用，生計將會受到影響，對此，吳揆也表示，政府會在合理的範圍內予以協助。若是承租國有地流失，政府會儘量協助農民度過難關，如果是私有土地流失，政府則會想辦法讓農民得到補償。