馬總統上午九時在總統府大禮堂主持「中華民國建國九十八年國慶典禮」，總統在致詞表示，在98年八月中旬，政府就決定98年國慶日除中樞舉行典禮外，其他慶祝活動全部停止。這是因為「八八水災」有七百多位同胞罹難或失蹤，我們感到像失去自己親人一樣的哀痛，實在沒有心情舉辦國慶活動；只希望讓往生者安息，讓家園更為安全，讓悲劇不再發生。這些都是我們對災民以及全國同胞最莊嚴的承諾。

總統並指出，近年全球氣候異常變遷，各地大型災難頻傳，在亞太地區尤其顯著。兩個月前臺灣就經歷一場大自然的震撼教育，我們親身學到慘痛的教訓。我們深刻領悟，大地是人類安身立命的居所，面對大自然，人類要學習謙卑，建立順應環境的發展觀念，不再與山河爭地。

總統說，「防災重於救災」是「八八水災」給我們的另一個關鍵教訓。只要防災做得好，可以大量減少不必要的傷亡與損失。為達成這個目標，政府已著手改革現有的災害防救體系與運作，強化中央與地方的協調聯繫，落實地方政府各單位平日災防教育與訓練，大幅提高民眾的防災意識，並將災害防救列為國軍中心任務之一。

此外，全臺五個作戰區在平日就完成災害防救的兵力部署，災害發生前就主動在危險地區預置兵力，準備隨時援救。事實上，在莫拉克颱風造成災害前，就有廿一個村落的卅三位鄉長、村長、警員與土石流防災專員，斷然撤離九千一百人到安全地區。如果當時沒有及時撤離，死傷估計還會增加一千零四十六人。正是這些可敬的防災英雄高度的防災意識與正確的情勢判斷，挽救了近千條人命。

總統表示，這次救災過程也讓我們看到臺灣人的愛心與這塊土地旺盛的生命力，災後政府與各地民眾、慈善團體，熱心積極投入災區服務，踴躍捐輸，捐款總額達一百七十八億餘元；國軍出動超過五十六萬人次，警察、消防與工程人員出動超過四十一萬餘人次，志工超過十四萬人次投入救災行動。他們不畏艱險，不眠不休的搶救安置災民，搶通路橋，搶修堤防，疏通河道，清理家園。洪水固然無情，但臺灣強大的內聚力與生命力，卻在艱困時期充分顯現，大家不分彼此，相互扶持，這就是臺灣否極泰來的希望。我們一定要將這股力量，轉化為臺灣未來進步的動力。

總統強調，再過四百多個日子，就是中華民國建國一百年。為了慶祝這個偉大的日子，並告訴我們的子孫，中華民國在狂風暴雨中，永遠屹立不搖；在淬礪磨練後，更為燦爛奪目，英九特別在十日國慶日，正式宣布成立「中華民國建國一百年慶祝活動籌備委員會」，請蕭萬長副總統擔任主任委員，結合政府與民間，規劃一整年的慶祝活動。