自林務局收回阿里山森林鐵路經營權後，積極重建阿里山遊樂區內各項設施，從5月24日展開阿里山遊樂區內鐵路鐵路設施、設備及路線之檢查、整備，經交通部同意後，已於6月19日恢復森林鐵路祝山支線及神木區間車行駛，林務局接著將持續辦理遊樂區內水山及塔山支線整修，以提供國人旅遊需要。

嘉義林區管理處表示，阿里山森林鐵路沼平至水山線全長1.6公里，路基已整理完竣，嘉義處於98年1月已完成水山站簡易月台設置，目前因沼平車站改建中，致水山線尚未納入營運規畫；99年正持續辦理水山月台周邊連接巨木步道設施及景觀美化工作，與水山巨木及鐵路木棧橋景點串連。因本線距離短，目前尚無規劃步道可到達，故在水山線未營運前，擬以現有路線整理後暫作步道使用，提供願意散步在軌道上的遊客前往使用。

另阿里山森林鐵路眠月線於民國88年921震災後受到重創，經嘉義林區管理處逐步整修，民營前已搶阿里山通至塔山站，全長5.45公里，並於98年2月20日完成塔山月台工程。惟98年又遭莫拉克颱風影響，人工隧道損毀約40公尺，將由專家學者評估修復之安全性及期程後，儘速提供國人旅遊需要。