莫拉克颱風後，水利署第七河川局以航照圖初估，轄區高屏溪流域河川淤積土石約2億立方公尺，其中約1.5億淤積於上游，該局就急要瓶頸河段，於99年度疏濬土石量約1,500萬立方公尺，農地流失回填亦可達300萬立方公尺，100年度疏濬約2,000萬立方公尺，其餘河段也將依所擬定計畫依序執行。

水利署副署長吳約西表示，因莫拉克颱風88水災影響，洪流挾帶大量由上游集水區而下之土石，造成下游地區堤防、道路、橋梁等設施嚴重損壞及河床淤積，高屏溪水系主支流包括荖濃溪、隘寮溪、旗山溪等河道均淤積大量土石；為疏導水流、增加通洪斷面，淤積之土石需予以快速疏濬、清除，以維護河防安全。

吳約西表示，高屏溪水系的疏濬98~99年度疏濬計畫分成17件(其中高雄縣政府協助辦理3件，屏東縣政府協助辦理2件)分別辦理公開招標或公開申購，並配合河床運輸便道、地磅之施作期程，預定自98年11月15日起陸續開始出料，預計於99年6月底前完成1,500萬立方公尺疏濬量。

吳約西強調該署第七河川局於莫拉克颱風後緊急搶修疏通河道，包括地方民眾、高雄縣楊秋興縣長、屏東縣曹啟鴻縣長所關心的，荖濃溪寶來河段、新威河段、旗山溪小林河段、大林河段、5號排水河段、隘寮溪廣福橋河段、南華大橋河段等計有七處完成97萬立方公尺土石疏通量。後續繼續辦理武洛溪、隘寮北溪伊拉橋河段、荖濃溪勤和段計30萬立方公尺河道疏通。另緊急疏濬預計辦理90萬立方公尺，其中高屏溪大樹鄉無尾溝河段、荖濃溪新威大橋河段、隘寮溪南華大橋河段等各20萬立方公尺已完成，旗山溪旗山段30萬立方公尺已完成9萬立方公尺，預定98年11月20日前完成。

第七河川局於10月20日已完成荖濃溪大津至新寮下游河段採售分離計畫之週邊計畫等3件河床運輸便道施設發包，目前正積極施工中，以建立河床運輸系統，避免與平面道路爭道影響行車安全；另以採售分離執行部份，正積極進行地磅、洗車台、管制室施設，以利疏濬執行管控。