有關臺北市政府對八八水災捐款向來秉持專款專用原則使用，本府的捐款自98年8月起至今，執行計畫包括緊急救災、災民慰問金、學校復健及原鄉部落服務照顧，並接受屏東縣政府、嘉義民雄鄉的提案，補助永久屋生活用品補助計畫及道路修建等，全數用於災區，募得金額151,652,796元，目前執行151,559,663元，剩餘93,133元，執行率高達99.94％。

北市重大捐款之管理係由本市「重大災害民間捐款委員會」管理。該委員會由本府協助災後復原相關局處及民間會計師、律師、社會公正人士及捐款人代表組成，以客觀、公正、透明方式合理運用各界捐款以發揮最大效益。臺北市民與各慈善團體於莫拉克風災時因信任北市府公信力，慷慨解囊，市府亦責無旁貸繼續管理該項捐款。並將所有支用款項及內容，包括委員會歷次會議記錄，均公開徵信於社會局網站（網址：www.dosw.tcg.gov.tw）。