新任行政院長吳敦義就任後首份施政方針報告15日送到立法院，重點仍在莫拉克災後重建工作、國土復育及疫情防治，另也將掌握周邊海域情勢，取締越界撈捕納入施政方針。

前任行政院長劉兆玄因88水災承擔政治責任請辭，由吳敦義接任，災後重建工作仍為新內閣重要工作，吳敦義也將於18日率部會首長赴立法院施政報告。

根據報告，行政院施政主軸在於「加速重建工作，強化治山防洪」，「完備疫情防治，確保國人健康」，「全力振興經濟，積極促進就業」，「兩岸互利共榮，務實拓展外交」以及「全面興利除弊，完善社會安全」等。

有關災後重建，行政院將優先以國土保育理念進行區域重建，研提國土保安及復育總體策略方向，針對分區特性及環境敏感度，進行產業重建規劃，鼓勵產業再造與轉型，朝精緻農業、生態觀光旅遊及文化創意等新興產業發展。

行政院也將推動安心租、購屋服務，對企業救助災民及協助災區重建，提供租稅優惠，並提供受災產業或企業貸款展延等抒困措施；加速辦理災區地籍及地權清理，簡化測量及土地登記程序。

同時，行政院將結合政府與民間力量，以生態、生活及生產為優先考量，推動重建工作，選定遷建示範案例優先辦理，作為後續遷村參考範例，並協調企業及民間團體認養。

另外，台籍海釣船日前疑似進入日本海域，遭日本海上保安廳公務船緊追並登船檢查，引起糾紛，行政院也將「掌握周邊海域情勢，嚴格取締越界捕撈」納入施政方針，以保障漁民作業安全，並加強領海及專屬經濟海域巡護勤務及提升海難救助及污染防治能量。

外交方面，將推動簽署雙邊自由貿易協定或雙邊合作協定，並爭取參與區域整合組織，及爭取歐美國家給予台灣免簽證待遇，也將持續推動兩岸經貿正常化，檢討現行法制及規劃推動研修工作，提升交流品質。