「莫拉克」颱風自98年8月7日起，三日內於南台灣降下2900公釐之超大暴雨，造成嘉義、台南、高雄、屏東及台東等地區之重大災害，致曾文溪以南之台南縣市、北高雄縣市及屏東縣東港、林邊等鄉鎮幾乎全面性缺水。雖然台水公司業於汛期前加強各項供水整備，惟超大豪雨造成南化水庫原水濁度劇升遠超過淨水場處理能力，高屏溪原水濁度飆高無法取水且洪水淹沒高屏溪大樹攔河堰取水站，許多地區淨水及供水設備遭淹沒或毀損，加上道路、橋樑中斷致送水管線被沖損斷裂等，致使出水量銳減，累計全台最高峰期間缺水戶約77萬戶，造成災損約24.3億。

於此次停水期間，缺水區域計設置389處加水站，並以249輛加水車（含消防水車）巡迴供水，對受損管線積極進行搶修或設置臨時管線，各地區已於8月19日持續恢復供水。目前台水公司已開始辦理相關復建工作，預計於99年12月前完成，部份山地偏遠地區則需視實際需求重新規設當地供水系統。

有關此次風災影響範圍最廣之台南、高雄地區，目前每日需水量達238萬立方公尺，其中來自南化水庫及高屏溪攔河堰供應水量即達170萬立方公尺，約佔7成，可見該兩水源極為重要。因此，水公司為改善台南、高雄地區之供水問題，特擬辦理多項改善計畫，包括「南化水庫緊急取水工程」、「南化水庫整治及清淤」、「南化水庫永久取水設施計畫」、「手巾寮鑿井」及「竹仔寮及翁公園伏流水開發」等，目的在於藉由加強運用現有水源、增加南化水庫庫容及尋求新的替代水源等策略，以確保台南、高雄地區供水無虞。

除上述較大型之相關改善計畫外，台水公司亦將強化過橋管線，增設備用支援管線系統等做安全性改善，以維持供水穩定。不過台水公司仍呼籲「有水當思無水之苦」，民眾務必節約用水，珍惜水資源。