總統馬英九5日晚間到中央災害應變中心視察，聽取各單位防颱簡報，並與各地視訊。總統要求宜蘭、花蓮、台東和台北縣，就算氣象局明天解除颱風警報，縣府應變中心仍要維持一級開設。

宜蘭縣連日豪雨造成18處淹水、1處土石流、封閉9座橋梁，馬總統特別要求農委會回報三星蔥受損情況；農委會表示，平時宜蘭三星蔥運銷台北市約10噸到20噸，6日仍可正常供應約13噸。

總統在視訊前，特地先聽取氣象局明天各縣市的雨量預報，再逐一與宜蘭縣副縣長林義剛、花蓮縣長謝深山、台東縣長鄺麗貞、台北縣長周錫瑋視訊，提醒各縣市務必遵守撤離標準，將土石流紅色警戒區居民全部撤出，黃色警戒區的老弱婦嬬撤出。

總統表示，根據氣象局預測，芭瑪颱風停滯在台灣南方，不管氣象局明天是否解除陸上颱風警報，各地雨量還是很大，尤其宜蘭、花蓮、台東和台北縣應注意，不可掉以輕心，如果需要支援，軍方已預置兵力在危險區，可以隨時啟動。

馬總統說，就算6日氣象局解除颱風警報，希望宜蘭、花蓮、台東和台北縣政府的災害應變中心，仍然維持一級開設，觀察沒有危險之後再解除，因為解除颱風警報不代表一切回復正常，芭瑪颱風行進的路徑很怪，要記取88水災的教訓。