98年度8月份莫拉克颱風重創南台灣，因上游沖刷而下的沙石大量淤積造成南化、曾文水庫嚴重淤積，亦已嚴重影響臺南縣(市)用水危機，且未來颱風豪雨再度侵襲時，曾文、南化水庫恐因蓄水容量不足造成需緊急洩洪，導致下游河川瞬間需承受大量水體，又造成河川排水容量不足導致下淤段區域淹水情事再度發生，為解決此問題臺南市許市長於98年12月16日箋函行政院吳院長及行政院莫拉克颱風災後重建推動委員會蔡執行長勳雄要求經濟部儘速辦理水庫疏濬工作，經濟部終於於99年1月13日正式回函並允諾答應疏濬。

經濟部水利署為因應莫拉克颱風帶來水庫淤積問題，已加強辦理水庫疏濬因應，台南地區預計於99年6月底前辦理南化水庫陸挖15萬立方公尺、抽泥5萬立方公尺，曾文水庫庫區陸挖20萬立方公尺、庫區上游陸挖40萬立方公尺，並預計於99年12月底前辦理南化水庫水力排砂24萬立方公尺、曾文水庫水力排砂70萬立方公尺。另已規劃請國軍協助清淤地點、數量及動線，俟規劃完成後即儘速洽請國軍動用大型機具與官兵適時協助辦理水庫疏濬工作。

另經濟部水利署針對整體淤積問題正研擬整體改善計畫，包含相關上游集水區環境保育、水庫及相關水源設施之清淤、整建與增建及下游管線供水相關措施等，從水庫集水區水土保持工作防砂、導流、清疏野溪及植生穩定以減少砂源入庫等俱已涵蓋，以延長水庫壽命，有效防淤減；中下游亦加強疏濬及水力排砂等多元化清淤策略，以提升水庫清淤量，減緩水庫淤積。

另有關南台灣本年2、3月恐面臨限水危機乙節，為穩定民生工業用水，已於98年12月22日公告嘉南灌區約1.9萬公頃一期稻作停灌因應，另南化水庫亦加管控出水，期能延長水庫供水時程。經採行上述措施後，估計嘉義、台南地區民生用水應可供應至99年6月底，請民眾可放心暫不會有缺水危機。