莫拉克風災造成損失慘重，立法院針對政府在防災救災預算執行部分，提出多達26項評估，包括空總直升機老舊、中央災害應變中心運作失靈等，建議政院檢討改善。

根據立法院預算中心針對99年度中央政府總預算案整體評估報告，就莫拉克颱風後引發民眾關注的防災、救災相關問題，在預算執行部分提出26項檢討建議。

預算中心認為，中央災害應變中心雖然可調度資源廣泛，囊括政府與民間團體，但是縱向與橫向聯繫的調度功能不彰，屢次運作失靈，建議中央災害應變中心應強化緊急應變處理與救災資源統合調度功能。

中央災害應變中心耗資新台幣11億餘元建置4處備援中心，預算中心也認為，應檢討建置多處備援中心的必要性與有效性等問題。

在設備問題部分，預算中心認為，空中勤務總隊有34架直升機可供救災，其中卻有超過一半、18架直升機機齡達35年，甚至有飛機在這次莫拉克風災中失事墜毀，雖然目前已經擬由國防部編列預算採購15架直升機移撥使用，但預算中心建議，在國防部移撥直升機前，應確實持續檢討直升機維修及設備提升，以確保飛行機組員安全。

預算中心認為，政府在民國92年至94年間，耗資2億餘元購買12輛救災用通訊指揮平台車，但在莫拉克風災時僅出動3輛，使用率極低。同時12輛通訊指揮平台車還受到淹水、道路中斷、坡高限制等，沒有辦法在緊急時刻發揮功能，建議應該研擬改善災害防救通訊規劃的策略。

此外，預算中心也認為，水利署防洪規畫欠缺具體效益、河川水位監測系統預警功能有待加強、土石流監測預警系統未能發揮；國科會與國家災害防救科技中心應致力研究提高防災標準與能力；中央氣象局與空軍氣象聯隊應提升國內氣象預測與預警能力、災害防救教育訓練與演習沒有落實等，分別提出應改進的建議。