莫拉克颱風造成全國國中小1,300多校受到程度不一的損壞，由於部分學校受損嚴重及交通因素，教育部之前預估有31校可能無法準時開學。教育部表示，經過這段時間，包含國軍、交通部、各地方政府及學校的通盤合作與努力下，目前預期於8月31日因風災受損的國中小，將以易地安置、空投或原校完成整理之方式如期開學。

教育部部長鄭瑞城於8月27日國中小開學前，邀集南投縣、嘉義縣、臺南縣、高雄縣、屏東縣及臺東縣等莫拉克颱風受災情形嚴重縣市，在旗山農工召開「莫拉克颱風受災縣市國中小開學準備與重建相關事宜」會議，並就開學整備相關事項再作檢視與協助，預期受災學校在8月31日開學前能準備妥當，順利開學。

教育部表示，日前已優先補助受損學校維生系統（如飲水設備、電力設備），部分受損黑板、課桌椅及教科書等教學必需品經費約新台幣1億多元；補助易地安置開學學校經費新台幣1億1,059萬2,900元，各校在開學前，教學設備及校園設施應能準備完妥。

8月27日會議中，南投縣及臺南縣政府就學校清理校園及校區消毒、校舍安全評估等工作進行說明。屏東縣及高雄縣就易地開學師生安置，說明教學基本需求，如水電供給及午餐供應，黑板、課桌椅及教科書等準備程度，及與學生家長及社區人士協調溝通情形，並詳述就安置地點儘可能提供較完善之相關服務。

有關嘉義縣阿里山鄉各國小，尚有部分村里交通及供電中斷，截至目前為止，未搶通道路的學校只剩下新美國小、達邦國小里佳分校，另7個校區已搶通產業道路，可以四輪傳動車輛通行，新美國小及達邦國小里佳分校的師生將以直升機運送及物資運補，嘉義縣政府將盡最大努力與資源挹注，讓新美國小等8校9校區將如期於8月31日開學，以利災區學生就學。

在會議中，教育部部長鄭瑞城除表示關心對各受災縣府同仁及學校教職員工，這段期間對於災害搶救工作的辛苦，並提醒他們能隨時注意自己的身體健康。