「莫拉克」颱風肆虐南台灣，負責台南縣地區救援任務的第四作戰區台南縣前進指揮中心，派遣千餘名兵力及各型機具，前進台南縣水患嚴重地區，執行環境清理及垃圾、淤泥清運等工作，期能在最短時間內，順利完成災後復原工作。　陸軍五六四旅官兵駐地在高雄縣阿蓮鄉，接受命令後遠赴台南縣新營巿體育館，立即成立第四作戰區台南縣救災指揮中心，整合陸軍五六四旅、後備九○七旅等單位執行災後復原工作，救災工作置重點於麻豆鎮、學甲鎮、新巿鎮、北門鄉等災情較為嚴重地區，全力支援淤泥、垃圾清運、環境清理及巿容復原。

此外，在高雄縣六龜鄉新開部落的大體挖掘工作，陸軍裝甲五六四旅及四三砲指部等單位，每日均派遣近千名官兵從早上六時開始，一直到下午五時以後天色變暗才結束一天的工作，官兵們身穿白色防護衣、戴口罩、束Ｓ腰帶、雨衣，手上拿著圓鍬，用銳利的雙眼緊盯著挖土機挖斗所過之處，一旦發現罹難者，立即停止機具，改由人工進行挖掘。挖掘工作在他們的努力下，得以按照預定時間完成，讓罹難者安息。