88水災重創南台灣，各相關部會已加強復建腳步，讓受災民眾早日恢復正常生活機能，單治水經費而言經濟部將編列4至5百億元進行河川疏濬及整治，對於地方政府質疑中央無心治水且不重視，水利署鄭重表示，會積極進行溝通並會以行動來展現治水的最大成果。

水利署指出，莫拉克颱風挾帶豪大雨造成88水災重創南台灣，總統與吳揆皆非常重視，也親赴災區慰問災民同時傾聽民眾心聲，以台南縣為例－對於曾文溪之治理將投入40億元，包括重建預算中編列20億元進行該溪沿線整治，另一億元並比照淡水河設置洪水預警報系統預估在明年汛期前完成，其他近20億元經費也分別於3至4年內辦理疏濬及整治工作。

經濟部表示，對於治水工作是重要的施政方針且「水」都重視不能輕忽，對於莫拉克颱風期間造成中央管河川堤防受損或沖毀共計87處，長度約106公里，其中需辦緊急搶險工程者計63件，已於98.8.17全數完工達成初步保謢效果，後續仍由各河川局持續辦理堤身補強並接續發包進行搶修加強工作，預計辦理辦理搶修工程104件，均以10月底前完成為目標管控進度。

經濟部同時為瞭解此次颱風造成防洪及水資源設施損壞原因，已邀請學者專家組成勘災小組赴災害現場勘查，後續復建工作將依災損原因，針對堤防之治理計畫線、堤防佈設、工法及材料等作檢討，以降低復建後堤防再次受損風險，並以99年汛期前完工為努力目標。

對於防洪體系是否會提升或有何具體作法，水利署指出，有效因應對策除針對重要地區適度提高防洪設計保護標準外，另本次莫拉克颱風水流沖破堤防護岸河防設施、河道有明顯放寬或流路產生變遷之河段，將重新檢討水道治理計畫線。同時亦將加強非工程措施，包括加強洪水觀測、建置淹水預（警）報系統、健全疏散與避難措施及演練、強化災情通報；長期而言，則應從國土規劃、國土復育計畫角度出發，使人民避開高淹水風險潛勢區位發展，以減輕降雨超過防洪設施保護標準時之生命財產損失。