縣府審查莫拉克颱風房屋毀損證明書申請作業，依照營建署規定之申請要件，目前共開立167張證明書，包括那瑪夏南沙魯村95張、甲仙小林村72張。兩處尚有131棟建物待確認，縣長楊秋興指示社會處及建設處盡速完成屋損證明書之審查作業，以利進行永久屋工程。

縣府辦理房屋毀損證明書申辦作業，按營建署之認定，申請人必須檢附房屋所有權或稅籍證明，若無法提出其中一項證明資料，則必須檢附土地所有權狀(或土地使用證明，如租賃契約)及水或電繳納證明，並由法院辦理公證後，始符合屋損證明發放要件。

其中，符合第一類規定者，南沙魯村(民族村)共有84棟，包括同一棟建物中有2個以上所有權人，共開立95張證明書，小林村72棟，開立78張。另，南沙魯村54棟及小林村77棟，尚需社會處確認是否符合第二類申請要件。

建設處表示，甲仙鄉及六龜鄉符合房屋毀損要件有151棟，而符合三大技師公會緊急評估危險鑑定作業，亦有23棟，待初審通過後，即可開具證明書。楊縣長指示社會處及建設處盡速完成屋損證明書之審查作業，而符合第二類要件者，也盼在兩週內比對完成，加速永久屋申請流程。

此外，縣府與中央也決議，不安全同意遷村之部落，若諮商後取得共識，立刻進入劃定特定區域的法定程序，遷往何處則尊重個人意願，唯放棄山上房屋後，不得回原地居住；至於不遷村之部落，居民則必須配合政府撤離政策，以維生命安全。