行政院長劉兆玄27日聽取衛生署「因應H1N1新型流感防疫策略」報告後表示，為因應最新疫情發展，行政院已召集醫療、科技、公衛等學者專家成立防疫諮詢小組，中央流行疫情指揮中心也已依照防疫諮詢小組建議，調整及擬定相關整備措施，包括新型流感疫苗、藥物、防疫物資之整備，以及開學後防疫措施等。劉院長強調，「救災重建」與「防疫減災」是政府目前最重要的施政工作，期勉全體行政團隊共體時艱，群策群力，以期國人及社會儘速恢復正常生活秩序。

劉院長說，群聚感染是目前全球面臨的問題，無一國家可以倖免，他已指示中央流行疫情指揮中心再全面檢視傳染病醫療網、緊急醫療網及119緊急運送之整合情形，充分掌握加護病床分布及使用情況，使重症病患能在第一時間獲得有效的轉診及照護，降低傷害。

劉院長強調，資訊的迅速、正確跟透明非常重要，資訊愈透明民眾就愈不容易因為誤導而恐慌，政府希望的是民眾對疫情提高警覺而不是引起恐慌。他指示中央流行疫情指揮中心應立刻執行每天兩次的統一發言機制，同時，所有的網站資訊必須做到最新以及容易了解，對於不實的傳播也要透過各種管道迅速更正，並透過對民眾的直接文宣，提供民眾想要知道的訊息。劉院長說，政府要把自己可以掌握的部份先做好。另外，新聞局也應加強和媒體溝通，希望媒體善盡社會責任，協助控制疫情。

劉院長也特別指示衛生署、國防部、教育部及內政部等部會特別注意南部災區的幾個族群的防疫工作，這些族群包括參與救災的國軍、居住在臨時收容所的災民以及災區的學生。