各界關心政府及民間莫拉克賑災善款去向，財團法人賑災基金會表示，風災後由內政部轉入賑災款新台幣24.77億元，連同原有可用資金，賑助支出已逾50億元，收支已公布。莫拉克颱風重創全台，政府及民間募得逾百億元善款，各界督促善款運用應透明化，避免遭私吞或不當使用。賑災基金會這次由內政部轉入高額賑災款，截至4日止，內政部轉入的賑災款達24.77億元。賑災基金會網站隨時公布最新賑災經費收支運用表，供各界查詢。

根據最新公布的賑災經費運用表，8月13日至9月4日，賑災基金會運用於88水災賑助支出共達50.18億元，經費來自內政部轉入的24.77億元賑災款，不足款項由賑災基金原有可用資金支應。

賑災基金會表示，50.18億元賑災支出，包括賑助19.1萬戶住戶淹水，賑助支出達38億3860萬元；賑助1877戶安遷，賑助金9380萬元；賑助2000戶租金、2000戶生活金，兩者賑助支出約6.6億元，及4億2540萬元用於602人失蹤賑助、107人死亡賑助。為善用各界愛心捐款，賑災基金會預撥27億餘元作為淹水戶賑助金，符合地方政府淹水戶賑助標準者，每戶可再領取2萬元，共賑助13萬6401戶。其他措施包括對安置到國軍營區、榮民之家受災戶，補助總額3億元生活費；與紅十字會等民間團體合作，發給重災區失依弱勢者每人2萬元慰助金，對重災區孤島村落，依實際需求，最高發給村長10萬元購買緊急物資等。

莫拉克颱風前，賑災基金會原有可用資金為55.36億元，加上內政部轉入的賑災款24.77億元，再扣除88水災賑助支出50.18億元，目前賑災基金會可用餘額為29.96億元。

8年前桃芝颱風造成100人死亡、100人失蹤，內政部民國90年8月1日開立「內政部賑災專戶」受理捐款，用於桃芝、納莉颱風慰問金後，為妥善管理賑災捐款數億元餘款，由內政部籌組財團法人賑災基金會。