莫拉克風災二、三天降下超過2,000公厘雨量導致南台灣嚴重淹水、水利設施受損、河川溢堤，連水利署南區水資源局施工作業中的曾文越域引水工程承包商也受災慘重。水利署表示，除幾處工務所人員受困、失踪人員正全力搜尋、搶救外，昨晚據高雄縣災害應變中心接獲礦務局通知，承包商繼信營造位於高雄縣桃源鄉南橫公路三段210號的火藥庫亦遭流失掩埋，該署南區水資源局在查證確認後正積極聯繫救災單位密切搜尋並擬於下游沿岸設置警告標誌以提醒區內相關救災作業人員。

水利署表示，該處火藥庫係依礦務局事業用爆炸物管理條例及其施行細則規定列管設置作為曾文越引工程隧道開挖使用的火藥，查證結果該火藥庫內存量有：乳膠炸藥7559.66公斤，其特性為膠皮浸水即被沖散、電氣雷管（藥量每發0.5公克）2994發，其特性須用電才能引爆的鐵殼裝置，等同於引信功能、非電雷管（藥量每發0.5公克）5560發，其特性不需用電、只要用火或施壓即可引爆的雷管、導火爆索（引信、藥量每公尺5公克）1685公尺，其特性為單條藥性微小，且遇水不爆，且雷管與炸藥均分開存放，據礦務局判斷整體炸藥安定性還算高。

水利署強調該工程火藥庫建築為鋼筋混凝土結構，研判8月9日流失，結構體應仍掩沒於東隧道東洞口下游附近，該署南水局目前正積極聯繫救災單位密切搜尋並擬於沿岸設置警告標誌。水利署表示，主管單位礦務局8月12日透過災害應變中心提醒荖濃溪畔村民、以及在河床上作業的怪手提高警覺，必要時一定要儘速撤離岸邊。該署南區水資源局也正與礦務局密切聯繫將於8月13日上午11時若天候許可會同相關人員進入現場勘查，做進一步的瞭解與妥善之處置。