行政院長吳敦義11日全程參與98年全國治水會議，並於閉幕時宣示，治水會議的結束，就是行動的開始。院長說，世界銀行對全世界容易致災地區曾經提出報告指出，臺灣同時被颱風、地震及水災襲擊的機會很大，同時台灣的河川是全世界最短促的，以致有高流量、高流速及高砂石量的情形。台灣有73%的人口居住在三種天災的發生地，99%的人口居住在兩種災害的發生地，院長強調「全民防災」已是刻不容緩之事。

吳院長表示，曾與立法院王金平院長共同聽取有關台灣以及日本防救災害體制之簡報，體認保護全民生命及財產安全是非常重要的事，因此未來政府將每年比照國防白皮書方式，向國會提出防災白皮書。

吳院長表示，「民可使由之，不可使知之」，治水會議的結束就是行動的開始，民眾是國家的主人，唯有「民眾知之」才能匯集龐大的力量與政府一起推動有利於國家及人民的發展計劃。吳院長肯定今天治水會議與會學者所提，建立防災意識要透過教育及宣導。吳院長強調，防杜災害或減輕災害對人民所帶來的損失是政府非常重要的政策，未來政府將會透過各種的宣導以及管道，讓國人知道防災的重要性。

吳院長表示，在莫拉克颱風之後，台灣禁不起再一次的傷害，因此行政院已擬定了全面防災藍圖，包括國軍超前預置兵力，適時支援，同時配合警察等協助的人員，徹底改善避免訊息流竄造成人心不安的情形。吳院長指出，這次的芭瑪颱風的防災工作，正好為台灣做了一次很好的演習，今後莫拉克以及芭瑪颱風都不會是最後一個颱風，因此一定要做好全面防災的工作。院長說，我們沒有能力叫颱風不要來，但是只要努力就可以把災害降到最低。 吳院長表示，即使天然環境不佳，台灣仍然能以軟實力來克服許多資源短缺的限制，過去台灣人民即以克勤克儉，最大的生命力以及對這塊土地的愛，團結一致地創造了舉世稱羨的經濟、民主政治以及教育的奇蹟，在在顯示了台灣在軟實力上的成就。

吳院長表示，許多淤積在河床上的砂石，是隨時可能引爆的不定時炸彈，目前離汛期結束尚有一個月，因此我們應立即解決這些砂石所可能帶來問題。院長並呼籲大家改變想法，不要再把砂石當作財富。院長期許在河川砂石第一線的工作人員，要富貴不能淫、貧賤不能移，同時更要有黑道、白道不能屈的勇氣。院長希望法務部、內政部、檢調機關能夠共同參建立一個公開、公平、透明、以大眾為利的機制，讓黑道與白道等不正當力量無所介入。這些砂石最終的去路可以填海、道路、就地安置，也可以幫助被水災沖失、流失田地的農民恢復家園，院長期待政府未來不僅應當民眾除弊，同時也要為民眾興利。

吳院長最後指出，有時候防災只要一點點觀念的改變，就可以有效的解決問題或是改變受災的狀況，吳院長舉例10日到中部地區聽取公路總局簡報，以往橋樑是依照各橋樑所設置水位警示作為判斷的標準，這是落後指標，應改為依流域雨量測候站的資料，這才是先期指標，僅是這一個觀念的差別，就可以提早爭取兩個小時預警時間，有效減少了災害對於生命的危害，這種觀念的改變對於國家社會是有很大的幫助。