行政院國家搜救指揮中心搜救長胡英達3日在中央災害應變中心表示，國軍此次救災採取「超前部署、主動救災」方式，與各縣市首長建立直接溝通管道，並建立北、中、南、東建立4個責任區，在颱風外圍接觸陸地的36小時前，各責任分區指揮官在地方政府要求下可直接派遣救災資源，不需再經過中央災害應變中心或地方災害應變中心聯絡官通報。

胡英達說，國搜中心海空搜救資源已完成待命整備，包括內政部空中勤務總隊18架、國防部共52架各機型直升機、各縣市緊急直升機起降場共976處，以及海巡署所屬搜救船艦共118艘。 經濟部水利署表示，已規劃完成水災疏散撤離作業流程及措施，強制疏散撤離時機包括：若中央災害應變中心通報強制建議、河川達一級警戒水位且持續上升、淹水警戒發布及現地已淹水30-50公分且持續上升、發布洩洪通報且洩洪量大於下游河川堤防設計標準、經縣市研判必要或水利建造物突然發生重大緊急事故等。

農委會水土保持局表示，土石流警戒有黃色、紅色兩級，依據中央氣象局雨量預測及實際降雨決定發布等級，黃色警戒發布時，地方政府應發佈疏散避難勸告；發布紅色警戒時，地方政府可強制撤離並做適當之安置。水保局進一步指出，土石流警戒基準值（雨量）已部分修訂，如阿里山區各鄉鎮原定基準值為雨量超過600釐米，已下修為300釐米上下，使這些高風險地區能提早進入警戒，預防災害。

災防會指出，為確保災害發生時通訊不中斷，中央災害應變中心在各級災害應變中心間，建置專用衛星通訊系統70站、專用微波通訊系統82站、固定式國際行動衛星電話492站；在災害現場與應變中心間，建置救災指揮通信平台車12輛、攜帶式衛星、機動微波通訊系統5套；在災害應變中心與高災害潛勢村里長間，建置國際行動衛星電話104套。其中救災指揮通信平台車行駛性能與消防車類似，可整合不同頻段的無線通信；攜帶式衛星、機動微波通訊系統可空投至道路中斷地區成立通信站。

中央災害應變中心指揮官江宜樺表示，媒體報導部分鄉鎮已開始撤離民眾，都是預先勸離而非強制撤離，截至10月3日下午4時止掌握到的撤離人數如下：南投縣信義鄉神木村約100-120人，安置在親友住處；高雄縣桃源鄉復興村5人、梅蘭村8人、梅山村38人，安置在陸軍官校；高雄縣六龜鄉寶來、荖農、新發、興龍、大津、中興等6村約200人，安置在天臺聖宮；高雄縣甲仙鄉關山村40人安置於當地活動中心。